厦航是中国我国民用航空体制改革初步尝试的产物。厦航自成立就自主经营，拥有自己的承运人代码（MF），是国际航空运输协会的正式会员。经过6年的艰苦创业，5年的稳步发展和5年的二次创业，自2001年开始进入持续发展期,现已发展成为一家拥有46架波音系列飞机的中等规模航空公司。现有机队包括37架B737和9架B757， 2008年厦航将再增加8架B737-800型飞机，并形成以737-700、737-800等新一代波音飞机为主的运营机队。
厦航主营国内航空客货运输业务、福建省及其他经民航总局批准的指定地区始发至邻近国家或地区的航空客货运输业务，航空公司间的业务代理，兼营航空器维修、航空配餐、酒店、旅游、广告、进出口贸易等业务。厦航以厦门、福州、晋江、武夷山、杭州、南昌为航班始发的营运基地，经营至全国各大中城市以及新加坡、马来西亚、泰国、日本、韩国等140多条国内、国际航线，努力构筑东南亚往来中国大陆的便捷通道，并努力发展成为连接台湾海峡两岸的重要纽带，通过便捷的转机服务方便东南亚地区的旅客到达全国各地，并在境内外四十几个大中城市设立了办事处和营业部。
厦航始终坚持改革创新，走规范化管理之路，迄今已形成了一套适合自身特点的行之有效的经营管理机制，塑造出“安全、优质、诚信”的品牌。在安全、服务、效益上居中国民航业的前列。2006年，厦航共安全飞行138,712小时，飞行事故征候万时率继续保持0记录，第五次迎来了代表航空安全最高荣誉的“金鹰杯”，同时获得连续安全飞行一百万小时的“飞行安全一星奖”两项大奖。自中国民航总局1995年开始设立航空安全流动奖杯的12年来，厦航先后8次捧杯，继1998、2001年获得“金鹰杯”后又于2004至2006年连续3年夺杯。此前，厦航在1995～1997年连续3年夺得航空安全“金雁杯”，获得全民航唯一的“航空安全金雁杯三连贯”荣誉称号，实现了 “金雁”、“金鹰”两杯双双落户厦航，这在中国民航界是没有先例的。充分显示了厦航安全基础管理的卓越成就。此外，厦航9次参加全国“旅客话民航”活动，6次荣获第一名，3次荣获第二名；厦航在2002年、2003年还荣获全民航唯一的“航班不正常优质服务奖”，2007年厦航还荣获“中国驰名商标”。
