2005年11月，深圳航空有限责任公司完成股权转让，成为国内最大的民营控股航空公司。深航进入了新的发展时期，新股东提出了实现深航跨越式发展的“369”发展战略规划，即：利用3年时间将公司的飞机数量增加到60至70架，成为国内大型航空公司；用6年时间将公司飞机数量增加到100架，成为国内外知名的、有自己品牌的公司；用9年时间使公司飞机数量增加到160架，始发基地增加到8-10个，员工队伍达到1.8万人，使深航跻身国际一流航空公司的行列。
2006年是深航发展史上具有里程碑意义的一年，是深航实施“369”发展战略规划的开局之年，也是深航在安全、效益、服务、发展等方面取得骄人业绩的一年。深航确立了发展战略，形成了文化体系，进行了一系列的组织创新、管理创新、机制创新和服务创新，实施了人才引进培训计划，建成模拟机培训基地一个、员工培训中心三个、与院校合作设立研究基地三个。进军东北、落子中原，推进了广州、北京战略和苏、锡、常金三角战略，初步完成了公司前期战略发展布局，企业内在实力和外在影响力得到了全面提升。2006年深航引进波音747、737和空客319、320飞机12架，是深航历史上引进飞机数量最多的一年。在确保安全的前提下，深航超额完成各项经营指标，实现利润3.6亿元，创造了深航历史上最高的经营业绩，安全飞行13.53万小时，运输旅客712.57万人次，运输货邮10.59万吨，总收入达到64.48亿元，与上年相比分别增长了24.3%、27.3%和31.8%，深航呈现出强劲的发展势头。
2007年，深航在“创建深航罗盘管理模式，打造五星级航空运输企业，做特色航空的领跑者”的集团目标的指引下，以创新和进取为动力，进一步加快发展速度，提升发展品质，按照“一个主体、两个支撑、三大业务、四个版块”的集团业务发展规划，发展价值链、服务链产业集团，以客运为主体、客货并举，实施深航“369”规划，着力推进信息化、资产运营平台建设，实现货运、支线、公务机航空的共同发展，大力发展机场、酒店旅游、房地产、飞机租赁等与主业相关度较大的产业板块。2007年，深航集团计划收入超过100亿元，旅客运输量超过1000万人次，飞机数量超过70架，深航“369”发展战略规划的第一阶段目标有望提前实现。
深航以“立志成为世界上最受推崇和最有价值的航空公司，推动民族航空成为世界首选”为使命，以成为“特色航空的领跑者”为愿景，向世人昭示了企业的追求和责任，将在中国民航由民航大国向民航强国的发展过程中贡献自己的力量。
